目前電鏡室承擔所內各研究課題組的電鏡實驗任務，可提供以下成熟的技術和服務：
1. 常規電鏡樣品的前期處理和制備
固定、漂洗、脫水、浸透、包埋、定位和超薄切片技術等一系列實驗過程。
2. 免疫電鏡（IEM）技術
免疫電鏡技術是利用抗原與抗體特異性結合的原理，在超微結構水平定位的技術。特異性抗體經不透明標記后電子密度增大，便于電鏡觀察，目前使用較多的是膠體金標記技術。
3. 自動條帶式超薄切片連續收集掃描成像（ATUM-SEM）技術
自動條帶式超薄切片連續收集掃描成像技術主要利用超薄切片條帶式收集裝置穩定收集大批量納米級連續切片，常用于分析腦組織體積樣品的連通性。用SEM對收集到的連續超薄切片（30-70nm）進行序列成像，得到大量的序列圖像，形成超薄切片庫。這些序列圖像經過自動識別、對齊，最終實現納米級的三維重建。
4. 高壓冷凍-冷凍替代技術
高壓冷凍-冷凍替代技術在神經組織超微結構研究中是一種高效的冷凍固定技術，可將活的組織或細胞在迅速凍結到77K，與傳統的化學固定方法相比，該方法具有以下優點：1.具有更快的固定速度，能捕捉瞬間的生理狀態；2.可以獲得更多原始的生理結構；3.有更高的分辨率，高壓冷凍之后，樣品通常需要通過冷凍替代過程。
5. 透射電鏡樣品的觀察
①用于生理和病理情況下生物組織、細胞樣品的超微亞細胞結構的高倍、高分辨率數碼圖像采集；
②腦片、單層細胞和菌體細胞的平板定位包埋；
③納米材料和有機化合物的定量檢測分析；
④模式動物如果蠅、斑馬魚、鼠腦部發育超微結構的觀察和細胞學比較；
⑤提供超微病理圖片的分析和圖像處理。
6. 掃描電鏡樣品的觀察
①能夠直接觀察較大體積樣品表面的三位立體結構，具有明顯的真實感;
②放大范圍很寬，可以從10-20倍與10萬-20萬倍連續變化。即使在高倍觀察時，也能獲得足夠清晰的圖像；
③樣品制備非常方便，如果是金屬導電樣品，直接就可以觀察，如是非導電材料，只要鍍上一層導電金屬碳膜，就可以觀察；
④由于掃描電鏡的圖像是按照信號順序依次記錄的，因此有利于圖像分析與處理。
